Zakres prac Wydawnictwa UE jest ustalany w formie rocznego Planu Wydawniczego. Propozycje publikacji do Planu są zgłaszane zbiorczo przez katedry i inne jednostki organizacyjne Uniwersytetu ze wskazaniem źródła finansowania. Plan opiniuje Komitet Redakcyjny, a zatwierdza  Prorektor ds. Nauki i Rozwoju Kadry Akademickiej.

Decyzje dotyczące wydawania kolejnych numerów czasopism uczelnianych podejmują Komitety Redakcyjne poszczególnych czasopism.